Szkoła jako samodzielna placówka oświaty dla dzieci ze specjalnymi potrzebami edukacyjnymi powstała 1 września 1990 roku jako Szkoła Podstawowa nr 6 w Goleniowie. Wcześniej dzieci niepełnosprawne intelektualnie uczyły się w Szkole Podstawowej nr 1 później w Zbiorczej Szkole Gminnej nr 4 jako klasy specjalne.
W roku 1990 dzięki zmianom ustrojowym, życzliwości nowych władz miasta Goleniowa oraz zaangażowania pani Beaty Jasińskiej - nauczycielki uczącej w klasach specjalnych, jednocześnie radnej samorządu miasta Goleniów, podjęto uchwałę o przekazaniu budynku Sądu Rejonowego na cele szkoły. Ze środków budżetu gminy i Kuratorium Oświaty w
Szczecinie dokonano adaptacji pomieszczeń do celów edukacyjnych. Nie było to łatwe zadanie, ponieważ środki finansowe przeznaczone na ten cel były bardzo skromne. W przeprowadzeniu remontu oraz urządzaniu klas pomagali wszyscy pracownicy szkoły oraz sponsorzy.
W 1990 roku Szkoła Podstawowa nr 6 w Goleniowie była jedyną placówką oświatową, na terenie gminy, która legitymowała się w 100% kadrą pedagogiczną z pełnymi kwalifikacjami zawodowymi i wyższym wykształceniem. Dyrektorem szkoły została pani Beata Jasińska.
W roku 1999 wraz z nadejściem reformy szkolnictwa nastąpiła zmiana organizacji szkoły. Od tego momentu do dzisiaj jesteśmy Zespołem Szkół, w skład którego wchodziły: Szkoła Podstawowa i Gimnazjum.
W latach 1999 - 2004 dyrektorem szkoły była mgr Barbara Bogumił. Od roku 2004 funkcję tę pełni Marzanna Gąsior.
W szkole podstawowej utworzone zostały trzy zespoły edukacyjno-terapeutyczne dla dzieci z niepełnosprawnością intelektualną w stopniu umiarkowanym i znacznym.
Od 1 września 2008 r. Zespół Szkół wzbogacił ofertę edukacyjną o Szkołę Przysposabiającą do Pracy.
08.11.2010 r. odbyło się oficjalne rozpoczęcie inwestycji "Budowa i wyposażenie Powiatowego Centrum Edukacyjno - Rewalidacyjnego na potrzeby Zespołu Szkół Specjalnych w Goleniowie".
31.08.2012 r. nastąpiło oficjalne otwarcie nowej siedziby szkoły.
03.09.2012 r. młodzież rozpoczęła naukę w Zasadniczej Szkole Zawodowej, która rozszerzyła ofertę naszej placówki.